Se parecen a las pyrrophytas por producir almidón, a veces por tener flagelos pectinado, por poseer clorofila c y por predominancia de pigmentos carotenoides en los cloroplastos, aunque los carotenoides son las mismas. La sugestión de Pascher de que las crysophyceae deben ser incluidas en las pyrrophytas deben seguirse hasta que se tenga más información, particularmente sobre la química de los pigmentos.
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