Fueron reconocidos por primera vez como un grupo natural por Klebs en 1892. Algunos géneros carecen de cloroplastos y son saprofiticos u holozoicos. Son pyrrohytos en las cuales los flagelos son ligeramente de dimensiones desiguales. En muchos casos su pared celular es de celulosa.
Son eucarioticos, pueden tener o no una pared rígida, los tilacoides están aplicadas en grupos de tres, carecen de proteína. La célula esta cubierta por un periplasto (formas desnudas) consistentes o rodeado por una pared celulósica (formas blindadas). En el caso del Gymnodium, el periplasto puede ser liso, estriado o apostillado. En las formas blindadas, la capsula celulósica que las reviste puede estar formado por placas individuales, articuladas y ornamentadas. Estas están perforadas por poros y a veces presentan prolongaciones.
Son eucarioticos, pueden tener o no una pared rígida, los tilacoides están aplicadas en grupos de tres, carecen de proteína. La célula esta cubierta por un periplasto (formas desnudas) consistentes o rodeado por una pared celulósica (formas blindadas). En el caso del Gymnodium, el periplasto puede ser liso, estriado o apostillado. En las formas blindadas, la capsula celulósica que las reviste puede estar formado por placas individuales, articuladas y ornamentadas. Estas están perforadas por poros y a veces presentan prolongaciones.
Ha sido demostrado que varios géneros de criptomonádidos, contienen los pigmentos ficobilínicos: ficoetrina y ficocianina. Este es el único hallazgo conocido de estos pigmentos en otros grupos que no sean Cyanophyceae y Rodophyceae. Las ficobilinas de Cyanophyceae difieren ligeramente de aquellas de los otros grupos. Contienen clorofila a y c de mismo modo que los dinophyceae, pero carecen de xantófila.
