La reproducción en los organismos de la división pyrrophytas es de tipo asexual en la mayoría de los casos (por división celular) pero se ha observado que en pocas especies se reproducen sexualmente (Isogamia, anisogamia o por oogamia). Todos los ciclos son haplóntico. A excepción del género Noctiluca que tiene ciclo diplóntico. La formación de quistes es común en el grupo de los dinoflagelados. En ocasiones, estos organismos se reproducen de tal manera que su color se confunde con el del mar, dando origen a las famosas mareas rojas.
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