Las formas unicelulares móviles se reproducen por división celular. En la mayoría de las especies es normal la producción de zoósporas, provistas de uno o de dos flagelos apicales. En los géneros móviles, la reproducción se realiza por división longitudinal de la célula que produce dos zoósporas. En las formas no móviles, las zoósporas son general parecida al biflagelado Ochromonas o al uniflagelado Chromulina.
Muchos de los géneros producen un tipo de estatóspora, tipo de célula de reposo las cuales son esporas que tienen la pared compuesta de dos mitades ensambladas por lo común muy desiguales. Dentro de una sola célula se forma una sola estatóspora que puede quedar fuertemente silicificada en toda su periferia, con la excepción de una pequeña abertura obturada por un tapón no silíceo. En condiciones favorables, la estatóspora sale de su reposo y germina, generalmente liberando una o dos células móviles, que salen por el poro que ha quedado después de haber sido disuelto el tapón.
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